不过，自从土木堡之变后上直二十六卫便乱套了，因为明英宗御驾亲征，十余万亲军几乎全军覆没，也就锦衣卫南北镇抚司和十四个千户所保留了原有的编制，其他诸卫基本上是名存实亡。后面，嘉靖皇帝干脆将剩余的亲军全部编入腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫和武骧右卫，由御马监掌印太监指挥，专门负责皇宫和皇城的守卫，而二十六卫其他各卫，除了锦衣卫保留原有编制，其他全部混入京营，由五军都督府管理，兵部指挥。